Organ v tolerančnom kostole – Pažitský 1795
Úplne prvým organom ešte v pôvodnom tolerančnom evanjelickom kostole bol organ od organára Pažitského (z roku 1795). Tento nástroj potom od púchvoského zboru odkúpila súľovská cirkev, o čom je i záznam v ich kronike. Osud nástroja však nie je známy, keďže sa v súľovskom kostole postavil v roku 1908 nový organ.
Organ v novom kostole – Slag&Sohne 1879
Predchodcom súčasného organu v púchovskom kostole bol organ postavený v roku 1879 nemeckou firmou Schlag&Sohne, Schweidniz (Opus 168) so sídlom vo vtedajšom pruskom Sliezku. Orgam bol postavený vlastne do novostavby kostola. Slúžil vňom vyše 70 rokov až do roku 1953 kedy bol predaný za 9000 Kčs cirkevnému zboru v Lipstovskom Ondreji, kde slúži dodnes. Ide o jednomanuálový organ s pedálom. Organ disponuje 10 registrami (3 pedálové, 7 manuálových), má 54 kláves manuálových, 13 kláves pedálových. Píšťalový materiál je kovový a drevený. Mechy boli šľapacie na obe nohy. Tento organ zaobstaral púchovský zbor v roku 1879 za sumu 1226 zlatých.
Súčasný organ – Organa Kutná Hora 1953
Snahy o stavbu nového organa naberajú reálne kontúry v 30tych rokoch. Intenzívna korešpondencia sa rozbieha v roku 1938 s potenciálnym dodávateľmi a generálnou cirkvou. Tieto snahy a náročný proces výberu a obstarania veľkého nástroja prerušila vojna. Po vojne, keď sa proces obnovil. 5. 2. 1948 kantor Matejka píše Ing. Letňanovi, organovému expertovi evanjelickej cirkvi: „Náš starý organ je stále horší a horší, akoby bol zvedel, že ho už chceme dať na pensiu. Tak vrčí, piští, a nedá sa to napraviť. Potrebovali sme čo najskôr veľký, majestátny organ do nášho veľkého gotického chrámu.“ Vtedy ešte nikto netušil, že organ-penzista nielenže bude slúžiť v Púchove takmer 5 rokov, ale že chytí druhý dych a prežije aj milénium 2000, ktoré bolo v tom období iba ďalekou budúcnosťou.
Výberový proces prebiehal s firmou Jozef Melzer, ktorú si púchovská cirkev vybrala z vicerých ponúk, medzi inými: Július Guna Prešov, Jan Tuček Kutná Hora, Bratia Rieger Krnov. Objednávku na nový organ podpísali 25.10.1948 kurátor Július Mitana a farár Peter Škodáček: „Na základe rozpočtu Vami dodaného zo dňa 6. augusta 1948, ktorým je doplnený rozpočet zo dňa 8. mája 1948 objednávame u Vás nový organ za cenu 416.910 Kčs.“ V roku 1948 však prišlo znárodnenie súkromných podnikov a podnik Jozefa Melzera (staviteľa organa) prechádza do družstva organárov Organa Kutná Hora. To Celý proces sa tak natiahol na 5 rokov.
Po zložitom procese sa púchovčania dočkali – dňa 17.2.1953 prebehla kolaudácia za účasti Jána Lacku, nám. kňaza, Viktora Štolla, cirk. dozorcu, Štefana Škripca, Juraja Matejku za ev.a.v. cirkevný zbor a zástupcov firmy Organa Kutná Hora. Organ stál 713 000,- Kčs. Posviacka organa sa konala na slávnosti 19. apríla 1953 a vykonal ju biskup Ján Chabada . <Program slávnosti>
Za pôsobenia brata farára Jána Zaťku bol organ vybavený novým nehlučným elektrickým ventilátorom vstavaným priamo do skrine.. V roku 1985 bol pôvodný hrací stôl nahradený novým spoľahlivejším, lebo starý bol závislý na zmenách teploty a vlhkosti. V roku 2005 bola vykonaná oprava organa. V roku 2007 bol organ obohatený o hobojový register a tak doplnený na počet 24 znejúcich registrov.